隨著水產業養殖的發展，水產微生物菌劑在水產養殖業的應用也逐漸興起。在國外厄瓜多爾、美國、日本等國家已經通過微生物技術凈化水體、去除有機物、使水產業的養殖密度增加了20%，并且水質得到了提高。

在國內微生物技術在水產業方面的應用還處于初級階段，但“微生物技術+水產業”的養殖模式越來越被廣大的養殖用戶所接受和應用。這根本源于人們對健康生活和品質生活的追求，提倡綠色飲食的理念，微生物技術處理方法相對于傳統的物理方法、和化學方法具有一定的經濟優勢以及環保特點，它主要利用有益微生物在水體吸收氨氮、亞硝酸氮及硫化氫等，有效分解大分子有機物，同時抑制病菌的大量繁殖，消除耗氧因子，促進幼體生長、變態，提高成活率，達到凈化水體、促進水產養殖的治標又治本的綠色處理方案。

在江蘇如東東陵有人用脊尾白蝦做過實驗，對4個養殖脊尾白蝦的池塘，其中2個放入EM菌劑，另外2個不放入。放養白蝦的密度是1kg/畝。放養時間是6月中旬，前期準備、消毒、過濾進水、培水、換水等常規措施都相同。過段時間進行觀察發現，使用微生物菌劑的養殖池塘水色更加穩定，池底干凈、底泥不黑，收獲的蝦活力強、蝦體色透明、規格均勻。產量增加了20.5